Men heeft lang gedacht dat eendenkooien een Nederlandse uitvinding waren en al bijna 700 jaar bekend. Sinds enige tijd weten we echter dat de tot nu toe oudst bekende kooi in Vlaanderen gelegen heeft en wel in Bornem. De oorsprong van deze kooi gaat terug tot 1318. Ook in andere landen komen wel eendenkooien voor, zoals in Engeland, Denemarken en het noorden van West Duitsland. Men gaat er echter van uit dat het kooibedrijf destijds door Nederlanders geëxporteerd is naar deze streken.
Nederland is van oudsher door zijn rivierdelta en door de Waddenzee een belangrijke pleisterplaats voor waterwild. Het veelvuldig voorkomen van waterwild bracht de mens er toe vangmiddelen te bedenken.
Bij het jagen op eenden werd vroeger steeds meer gezocht naar effectievere manieren om de eenden te vangen.
Voorlopers van eendenkooien zijn vermoedelijk doodlopende waterarmen in moerassen die met netten werden overdekt.
Het wild wordt gevangen voor eigen consumptie en voor de verkoop. Zo ontstaan in de veertiende / vijftiende eeuw de nu nog bekende eendenkooien.

Op basis van onderzoek wordt aangenomen dat er vroeger ca. 1000 eendenkooien hebben bestaan in Vlaanderen en Nederland. Sinds 1979 is het aantal door het ministerie van LNV geregistreerde eendenkooien constant gebleven op 118 stuks, waarvan 12 in Noord-Brabant.

De eigenaren van eendenkooien waren doorgaans welgestelde mensen die de kooi verpachten aan een kooiker die door middel van het vangen van eenden en verkoop van hout de pacht op moest brengen en een gezin onderhouden.

Tot het begin van de 20e eeuw kunnen kooikers nog een redelijke boterham verdienen, zeker als ze ernaast nog wat ander werk hebben.

In de dertiger jaren van de vorige eeuw worden onder invloed van de hoge werkeloosheid vele herontginningsplannen (ruilverkaveling) ontworpen. Deze plannen brengt de aanleg van vele wegen met zich mee alsmede een behoorlijke ontwatering. Akkers worden beter bereikbaar en het waterpeil wordt lager. Agrarische werkzaamheden verstoren in toenemende mate de rust in eendenkooien, kooiplassen komen droog te staan.
Naast de ruilverkaveling draagt ook de steeds verder gaande verstedelijking er toe bij dat vangsten in kooien worden gestaakt en kooien niet langer worden geregistreerd. Vooral na 1930 krijgen kooikers het steeds moeilijker om eendenkooien rendabel te houden. In het begin van de vijftiger jaren krijgt men bovendien te maken met steeds meer bezwaren vanuit de landbouw (vernielen van de oogst door grote groepen eenden) en de internationale vogelbescherming.
Met de jachtwet van 1977 wil de regering het aantal eendenkooien geleidelijk gaan verminderen. Indien een kooi niet meer gebruikt wordt of gebruikt kan worden om eenden te vangen kan de kooi niet meer jaarlijks geregistreerd worden. Niet meer geregistreerde kooien worden niet meer door de jachtwet beschermd.
Het oprichten van nieuwe kooien is niet meer toegestaan.

Sinds een aantal jaren loopt er een discussie om opnieuw oude eendenkooien te registreren dan wel geheel nieuwe eendenkooien toe te voegen. Het aantal van 118 geregistreerde eendenkooien is in de afgelopen jaren afgenomen tot 113 omdat 5 eendenkooien niet meer aan vastgestelde eisen voldeden.
Zowel vanuit de kooikersvereniging als uit de Eendenkooi stichting worden pogingen gedaan voor herregistratie van kooien om het aantal weer terug te brengen op 118. Dit kan echter pas als de huidige Flora en Faunawet vervangen wordt door de nieuwe natuurwet.